Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法-FFPE樣本蛋白提取新方法

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提高了FFPE樣品的覆蓋深度

      首先，作者用質(zhì)譜檢測了多種處理組合的人類肝臟樣品，發(fā)現(xiàn)相較于傳統(tǒng)(“XPM")的FFPE樣品處理，HYPERsol (“DUS")的結(jié)果是多識別11211種(37%)肽類和644種(24%)蛋白質(zhì)組，接近于新鮮冰凍樣品檢測深度(“FPS")。相較于傳統(tǒng)工作流程，DPS和HYPERsol的平均蛋白質(zhì)序列覆蓋率均有顯著提高，從20.0%到23.9%（圖2）。

圖2. 相較于傳統(tǒng)的工作流程，HYPERsol提高了FFPE樣本的蛋白覆蓋深度。a 新鮮肝臟樣品被制作成新鮮冰凍樣品或FFPE樣品。b 實驗條件表。c、d 不同條件下的肽類和蛋白質(zhì)組數(shù)量鑒定。e 不同條件下蛋白質(zhì)序列覆蓋率的密度圖。星號：與FPS相比；n = 3；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01，*** ：p < 0.001。

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提取FFPE蛋白質(zhì)與新鮮冰凍組織相媲美

      接下來，作者評估了FFPE樣本中提取的蛋白質(zhì)與冰凍組織中提取的蛋白質(zhì)的差異程度。蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集的皮爾遜相關系數(shù)顯示，HYPERsol(FFPE)數(shù)據(jù)集與FUS(冰凍)數(shù)據(jù)集非常相似，平均相關系數(shù)達0.936，顯著高于傳統(tǒng)方法與FUS相似性(0.852)?；鹕綀D表明，“HYPERsol與FUS處理"的蛋白質(zhì)組的相對豐度差異顯著小于“傳統(tǒng)和FUS處理"蛋白質(zhì)組的相對豐度差異，HYPERsol法處理FFPE樣本更能真實還原原始組織的組成(圖3)?？傮w而言，利用HYPERsol法從FFPE樣本中提取蛋白質(zhì)與從冰凍組織中提取蛋白質(zhì)的水平相媲美！

圖3. HYPERsol產(chǎn)生的蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)與新鮮冰凍組織相似。b、c不同條件下肽類和蛋白質(zhì)組的數(shù)量鑒定。n = 3；星號：與HYPERsol相比；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01，*** ：p < 0.001。d 散點圖描述了每個實驗條件的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)與FUS數(shù)據(jù)之間的相關性，R值：皮爾遜相關系數(shù)。e 相關矩陣描述了所有成對運行比較中的皮爾遜相關系數(shù)。f、g 火山圖比較了傳統(tǒng)和FUS條件下、HYPERsol和FUS條件下檢測到的蛋白質(zhì)的相對豐度差異。

FFPE存檔樣本蛋白質(zhì)組學鑒定成為可能

      以上，作者證實了HYPERsol法在FFPE樣本的蛋白質(zhì)提取中占據(jù)重要優(yōu)勢。此外，作者對以往難以診斷的惡性外周神經(jīng)鞘膜瘤(MPNST)，以及與其難以區(qū)分的黑色素瘤和滑膜肉瘤進行分析，發(fā)現(xiàn)HYPERsol法特別適合于鑒定新的免疫組織化學(IHC)標記，以促進組織形態(tài)學非特異的腫瘤診斷。

圖4. HYPERsol使FFPE存檔組織樣本的蛋白質(zhì)組學鑒定成為可能。a?c 惡性外周神經(jīng)鞘膜瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤的H&E染色。d 3種腫瘤類型中識別的蛋白質(zhì)組數(shù)箱圖。e 3種腫瘤類型之間檢測到的蛋白質(zhì)重疊維恩圖。f 散點圖，描繪標本的儲存期與已確定的蛋白質(zhì)組數(shù)之間的關系。虛線表示具有95%可信區(qū)間的最佳擬合線；R值和P值基于皮爾遜與乘積矩相關性。g、h MPNST和黑色素瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤中差異蛋白表達的火山圖。I-k TYR、TLE1和ICAM5在3種腫瘤中的豐度表達。* : p<0.001，** :  p<0.0001。